جرا نشدن برخی دستورات در کامند لاین command line

من چند روزی با یک نرم افزار تخصصی شیمی از طریق کامند لاین کار میکردم و مشکلی نداشتم
اما بعد از یک هفته برخی دستورات اجرا نشدند و خطا داد
نرم افزار رو روی یک سیستم دیگه هم امتحان کردم باز همون خطاها رو گرفتم
حتی مواردی رو که قبلا اجرا شده بود دوباره امتحان کردم خطا گرفتم و انجام نشد
نمیدونم مشکل از کجاست
ممنون میشم راهنمایی بفرمایید.